武警烏魯木齊指揮學院的前身是武警烏魯木齊指揮學校，組建于1983年，是國務院、中央軍委、武警總部批準的新疆唯一一所武警初級指揮學校。建院20余年來，為駐新疆武警部隊內衛、邊防、消防、兵團指揮部、8660部隊培養輸送了大批軍事人才。目前，武警新疆總隊、武警兵團指揮部所屬單位90%以上的干部，是武警烏魯木齊指揮學院畢業的學員，其中一部分已走上團職領導崗位。2006年武警部隊院校編制體制調整，學院擴編為正師級單位，更名為武警烏魯木齊指揮學院，并由原來的專科教育升格為本科教育，實現了“辦學規模化、教學現代化、管理正規化”的總體目標。

2003年經武警總部批準，武警烏魯木齊指揮學院與新疆大學聯合辦學，由新疆大學教學經驗豐富、學術水平高的40余名教授、副教授、講師擔任基礎文化課教員。現有博士生學歷的7人，占總數的4.2%，研究生學歷的23人。師資力量雄厚，教學設施先進，是廣大青年學生獻身國防事業、立志成才的基地，是武警部隊培養警官的搖籃。

學院教學區設有教學樓、辦公樓、軍人禮堂、圖書館、訓練場。建成了校園網，擁有科技含量較高的現代化教學科研設施。即計算機中心、電化教學中心、網絡管理中心、多媒體教室、電子圖書閱覽室、多媒體學術報告廳等。有規范的障礙、器械、田徑、射擊場，有配套的多功能健身訓練廳和文化娛樂中心。依托地方大學聯合辦學，實現了資源共享。