安慶醫藥高等專科學校是經國家教育部、安徽省人民政府批準設立的全日制普通高等專科學校，其前身為安徽省安慶衛生學校。學校1943年創辦于當時安徽省臨時政府所在地立煌縣（今金寨縣），原名安徽省立立煌高級助產護士職業學校，是安徽省最早的公辦醫學教育學校。1945年增設藥劑專業，更名為安徽省立立煌高級醫事職業學校，開全省藥學教育先河。1946年元月遷至合肥，同年2月遷至安慶，更名為安徽省省立安慶高級醫事職業學校。1952年定名為安徽省安慶衛生學校。1958年5月經省人民政府批準，在安慶衛生學校基礎上開辦“安慶醫學專科學校”，招生3期，辦學4年，至1962年7月，按省高校調整方案停止招收專科生。60多年來，學校培養了16000余名學子。1993年，時任衛生部部長陳敏章為建校五十周年題詞：知命之年，桃李芬芳。
目前，學校占地面積537.79畝（其中新校區500畝），校舍建筑面積101100平方米。教學儀器設備總值1487萬元，紙質圖書16.92萬冊，電子圖書2萬冊。專任教師133人，其中高級職稱占43%。建有校辦藥廠、門診部，有1所附屬醫院（二級甲等）和3所縣級綜合性臨床教學醫院。
學校現開設藥學、藥品經營與管理、藥物制劑技術、生物制藥技術、臨床醫學、康復醫療技術、助產、護理等8個專科專業；藥劑、藥品營銷、生物技術制藥、護理、衛生保健、康復技術、口腔工藝、中醫、助產等9個中專專業，其中藥劑專業是安徽省示范專業。2007年招收全日制普通專科1200人，五年制高職240人，普通中專650人。學校積極拓寬辦學渠道，先后與安徽醫科大學、蚌埠醫學院、安徽中醫學院、安慶電視大學開展聯合辦學，開設五年制高職教育，舉辦成人業余專科、本科、研究生課程進修班等層次的教育。學校辦學規模、辦學層次和辦學質量不斷提升。
學校將以 “三個代表”重要思想為指導，積極落實科學發展觀，貫徹黨的教育方針，堅持以教學為中心，樹立以人為本、質量興校的辦學理念，積極構建和諧校園，努力提高教學質量和辦學效益。全體師生滿懷信心、積極進取，開創安慶醫藥高等專科學校輝煌的明天。