創建于19、20世紀之交的圣約翰大學醫學院、震旦大學醫學院和同德醫學院三座古老的醫學殿堂，于1952年合并成立了上海第二醫學院，1985年改名上海第二醫科大學。2005年7月，兩所有著百余年辦學歷史的大學——上海交通大學和上海第二醫科大學合并，成立了新上海交通大學和上海交通大學醫學院。
    醫學院堅持發揚“海納百川、博采眾長”的優良傳統，大力弘揚“博極醫源、精勤不倦”的醫學院精神，逐漸形成了富有自身特點的辦學風格和特色。兩校合并之后，醫學院人在“除人類之病痛、助健康之完美”的孜孜追求中，又融入了上海交大“飲水思源、愛國榮校”的責任與夢想。
    學院擁一批國內著名的醫學專家和學者，有中國科學院院士1人，中國工程院院士10人，國家“973”項目首席科學家4人等一批在國內外有一定影響的學者。三級以上教授有57人，這些老專家大多有了第二代或第二代傳人。隨著“211工程”、“跨世紀人才培養工程”全面實施，醫學院以創新思路大膽引進海外頂尖人才，加大人才培養力度，一批在國內外有影響的學科帶頭人和優秀中青年骨干脫穎而出。
    在黨的教育方針指導下，根據社會對醫學人才的需求，學院的辦學規模和教學質量有了很大的提高。從建校初期的2各本科專業、3個專科專業發展為有臨床醫學八年制和口腔醫學七年制兩個長學制專業和臨床醫學、預防醫學、醫學檢驗、護理學、公共事業管理、生物醫學工程、營養學、市場營銷、藥學等本科專業。
    學院歷來重視基礎與臨床教學基地建設，在長期的醫學教育實踐中，形成了重視臨床實踐、全面提高素質、嚴格質量把關、力求改革創新的教學傳統和特色。目前擁有瑞金醫院、仁濟醫院、新華醫院、上海市第九人民醫院、上海市第六人民醫院、上海市第一人民醫院、上海市第三人民醫院等7所綜合性附屬醫院和上海市精神衛生中心、上海市兒童醫學中心、國際和平婦嬰保健院、上海市兒童醫院、上海市胸科醫院等5所專科性附屬醫院和16個臨床教學中心，核定床位11999張，是全國臨床教學資源最豐富的醫學院校。
    學院學術氣氛濃厚，學科優勢明顯，現有國家教育部重點學科10個，國家重點實驗室和工程中心3個，教育部重點實驗室和工程中心3個，衛生部重點實驗室4個，世界衛生組織（WHO）合作中心3個，及一批“211工程”重點建設學科。學院科研成果卓著，科研項目經費數始終在國內醫學院校中處于領先地位。科研項目、科研經費及國家重大重點項目承擔數在全國醫學院校中處于領先地位。“十五”以來，醫學院共獲得市（部）級科技成果獎211項，其中國家自然科學二等獎1項，國家科技進步獎3項。
    學院有悠久的國際學術交流傳統，經過多年的努力，特別是改革開放以來，學校的國際教六工作有了很大發展，形成了層次高、效益好、交往面廣、民間色彩濃、國際影響大的特點。
    學院環境優美，擁有良好的硬件設施好學習環境，原震旦大學的法式建筑鑲嵌在園林式的綠樹叢中，四百畝閔行校區也已列入規劃，美麗的校園充滿了勃勃生機。
    學院教學管理嚴謹，重視教學研究，是國內最早成立醫學教育研究室的院校之一，１９９８年又成立了全國高等醫學教育學會臨床醫學教育中心，２００４年成立了醫學教育研究和發展中心。學院教務處連續被國家教育部和上海市教育委員會評為全國和上海市優秀教務處。
    學院２００３年１１月接受了教育部專家組對本科教學工作水平評估和七年制高等醫學教育教學工作兩項評估。教育部２００４年公布了評估結果，教學評估取得了“優秀”。
    

臨床醫學、口腔醫學等

三、錄取

1、我校以全國統一高考成績為主要依據、德智體美全面考核、綜合評價，并根據考生填報的專業志愿順序擇優錄取。被我校錄取的新生全部在我校閔行校區就讀，醫學院錄取的學生進入醫學基礎階段后到我校重慶南路校區就讀。

2、我校調閱考生檔案的對象是：高考成績達到當地同批錄取控制分數線，并以我校為第一志愿的考生。調檔比例根據生源情況、志愿填報模式等因素，由我校與各省級教育考試院商定，我校不接受任何未經我校同意和認可的投檔線。

3、我校僅在調檔分數線上第一志愿報考人數少于招生計劃名額時，方接收非第一志愿考生。非第一志愿考生的實際高考成績不低于該省已投檔我校的第一志愿考生的平均分。若生源仍不足，剩余計劃將調劑到其他省市自治區。

4、繼續實行“專業志愿順序級差制”，級差為2分、1分;級差計算2次后，不再累計(即：2-1-0-0-0…)。

5、對于教育部在《2013年普通高等學校招生工作規定》中列出的照顧和優惠對象，我校原則上按照各省級教育考試院的規定執行。

6、考生如符合我校多項優惠加分條件，只能取其中最高一項。各省(市、自治區)招生規定的加分，可與我校優惠加分疊加。

7、國防定向生錄取辦法按解放軍總裝備部與上海交通大學制定的《上海交通大學國防生招生章程》執行。

8、交大密西根學院、交大-巴黎高科卓越工程師學院，僅錄取我校錄取線上有志愿的考生。若因考生志愿原因未完成交大密西根學院、交大-巴黎高科卓越工程師學院招生計劃，我校將以其他專業填補缺額數，使我校在當地招生計劃總數不變。

9、投檔成績相同情況下，我校依次以數學、英語成績的高低決定取舍。

10、電子信息科學與技術(IEEE本碩連讀試點班)、理科試驗班類(數學-金融本碩貫通試點班)、工科試驗班類(工科-管理本碩貫通試點班)、臨床醫學八年制(法語班)，以高考原始分(不含地方政策性加分和學校加分)排序錄取，且僅接收第一專業志愿填報者。

11、我校醫學院在錄取中的特殊要求詳見《上海交通大學醫學院招生實施細則》。

12、新生入校后，有復查環節，凡不符合招生規定的學生，將取消其入學資格。

    實力規模：學院現有教職醫護員工13000余人，其中具有高級職稱的在職人員1394名；中國科學院院士1人，中國工程院院士10人，國家“973”項目首席科學家4人（6項），長江學者計劃特聘教授4人；長江學者計劃講座教授1人；獲國家勞動人事部授予有突出貢獻中青年科技專家稱號的10人；國家“杰出專業技術人才”2人，國家杰出青年基金獲得者7人，教育部“跨世紀人才計劃”3人，衛生部“有突出貢獻中青年專家”3人，享受國務院頒發的政府特殊津貼293人。1人獲首屆“上海市教育功臣”稱號,3人獲“上海市科技精英”稱號，1人獲世界十大杰出女科學家提名獎。市級以上重點學科帶頭人36人；博士生導師206人，碩士生導師571人；200人次在國際學術機構及國內一、二級學術團體內擔任要職。
    

    醫學院按本科畢業生的比例（10％～15％），每年批準一批優秀學生免試直升研究生；未能直升研究生者也可通過參加統一組織的研究生入學考試，取得深造的機會。
     醫學院畢業生由學院推薦，用人單位按需要錄用，近年來就業率均在99％左右。2007年醫學院有臨床醫學和口腔醫學兩個七年制本碩連讀專業，畢業生共157人，就業率均達到100％。本科６個專業共有畢業生430人，就業人數427人，總體就業率達到99.3％。
    畢業生不僅就業率高，而且就業質量也很高。2007屆畢業生在三級醫院就業的約48％；二級醫院約34％；升學11%；其他（包括出國、民營醫院、公司等）約6％。
    

1、學費①信息安全、建筑學、臨床醫學、預防醫學、口腔醫學、醫學檢驗、護理學、營養學、致遠學院各專業：人民幣6,500元/人年。②我校電子信息與電氣工程學院、安泰經濟與管理學院繼續實行按學分收費試點。大類培養階段均按人民幣130元/學分標準收費，每學年約50個學分左右;專業分流后收費標準：信息工程、計算機科學與技術、電子科學與技術、經濟學、國際經濟與貿易、金融學等專業，人民幣6,500元/人年;其它專業人民幣5,000元/人年。③設計學類(藝術)、臨床醫學(法語班)專業：人民幣10,000元/人年

    目前在校本科及以上學生6275名，其中研究生占近50％。